Generar un archivo de configuración base
doxygen -g config_file_name
Llamar doxygen con archivo de configuración
doxygen config_file_name
Para generar los gráficos es necesario tener instalado graphviz
Algunas opciones útiles del archivo de configuración
Ubicación de documentación generada, con esto la documentación quedará en doc/html
OUTPUT_DIRECTORY = doc
Generar documentación de todos los archivos, no solo de los .h
EXTRACT_ALL = YES
Directorios de los cuales se va a generar documentación
INPUT = src include
No generar documentación en latex
GENERATE_LATEX = NO
Gráficos de llamadas
CALL_GRAPH = YES
Para la opción anterior y otras opciones de generación de gráficos es necesario tener
HAVE_DOT = YES